Każdy fundusz pobiera opłatę za odprowadzanie składek i zarządzanie nimi. Prawie  w każdy funduszu do 2010 opłata od składki wynosi 7% oprócz Allianz , w którym opłata wynosi 4%. Natomiast opłata za zarządzanie zależy od wielkości aktywów danego OFE.

Mniejsze fundusze pobierają  wyższą opłatę, w większe niższą. AVIVA CU zarządza największymi aktywami wśród OFE- ponad 35 mld zł, dlatego ma najmniejszą opłatę za zarządzanie tylko 0,023% wartości aktywów netto miesięcznie.  Kolejne miejsce pod tym względem zajmuje ING- 0,032%, PZU Złota Jesień i Amplico-0,040%.

W pozostałych funduszach opłata ta wynosi 0,045%. Dlatego też warto samemu wybrać fundusz i nie dać się wylosować. Warto jednak pamiętać, że fundusz, który dobrze pomnaża składki jest w stanie zlikwidować różnicę w wysokości opłat. Od przyszłego roku opłata od składki ma jednak ulec zmianie. Ma spaść z 7% do 3,5%. Dodatkowo zmniejszy się opłata za zarządzanie, gdy aktywa przekroczą 45 mld zł. ukształtują się na poziomie 15,5mld zł.